Johannes is getrouwd met Romeijn Margaretha op 27 nov 1861 (civil) in Delft. Margaretha (dochter van Romeijn Arend Leendertsz en Hogervorst Maria) is geboren op 7 okt 1837 in Delft; is gestorven op 24 apr 1894 in Hilversum. [Gezinsblad] [Familiekaart]

1. van Houten Alida Johanna is geboren in 1863 in Noordwijkerhout; is gestorven op 15 jan 1927 in Hilversum.
2. van Houten Maria Elisabeth is geboren op 15 nov 1863 in Noordwijkerhout; is gestorven op 21 nov 1906 in Hilversum.
3. van Houten Josina Victoria is geboren op 10 okt 1865 in Noordwijkerhout; is gestorven op 4 feb 1935 in Hilversum.
4. van Houten Adrianus Nicolaas is geboren op 6 dec 1867 in Noordwijkerhout; en is gestorven.
5. van Houten Anna Maria is geboren op 6 nov 1869 in Noordwijkerhout; is gestorven op 5 jun 1968 in Hilversum.
6. van Houten Johannes Philippus is geboren op 13 feb 1876 in Hilversum; is gestorven op 2 apr 1944 in Hilversum.